De visitatiecommissie is verantwoordelijk voor het onafhankelijk beoordelen van de afdelingen, gedurende de visitaties ook wel de 'te visiteren eenheden' (tve's) genoemd. Vier keer per jaar komt de visitatiecommissie bij elkaar om alle visitaties te bespreken en formuleert een advies over het al dan niet toekennen van het keurmerk. De voozitter van de visitatiecommissie deelt de adviezen met het bestuur van de stichting. Het bestuur besluit het keurmerk al dan niet toe te kennen.
De visitatiecommissie staat onder leiding van de voorzitter, prof. dr. Jos Egger. Prof. dr. Jan Spijker, prof. dr. Wouter Staal en prof. dr. Philip Spinhoven zijn de vicevoorzitters. De visitatiecommissie bestaat verder uit zeer ervaren visitatoren met verschillende disciplines. Alle visitatoren zijn senior-professionals.
Alle leden van de visitatiecommissie onderschrijven een gedragscode waarin zij hun neutraliteit, professionaliteit en integriteit garanderen. Tevens wordt de Code Belangenverstrengeling van de Gezondheidsraad gehanteerd om belangenverstrengeling te voorkomen.
Voor elke visitatie wordt een visitatieteam samengesteld die de visitatie daadwerkelijk uitvoert. Elk visitatieteam bestaat uit een van de voorzitters van de visitatiecommissie, de directeur of senior adviseur van TOPGGz, twee leden van de visitatiecommissie en een van de secretarissen.